Новое исследование Массачусетского технологического института предполагает, что десятки мутаций в спайковом белке варианта «омикрон» помогают ему уклоняться от всех четырех классов антител, которые могут воздействовать на SARS-CoV-2. Статья опубликована в Cell Reports, пишет MedicalXpress.

Используя вычислительный подход, который позволил определить, как мутировавшие аминокислоты белка-шипа влияют на близлежащие аминокислоты, ученые смогли получить многомерное представление о том, как вирус уклоняется от антител. По словам старшего автора Рама Сасисекхарана, традиционный подход, заключающийся только в изучении изменений в генетической последовательности вируса, снижает сложность трехмерной поверхности белка-шипа и не описывает многомерную сложность белковых поверхностей, с которыми пытаются связать антитела.

Несмотря на то что «омикрон» в некоторой степени способен ускользать от большинства антител, вакцины по-прежнему обеспечивают защиту. «Что хорошо в вакцинах, так это то, что они генерируют не только В-клетки, которые вызывают ответ моноклональных антител, но и Т-клетки, которые обеспечивают дополнительные формы защиты», – говорит Сасисекаран.

Когда появился «омикрон» с примерно тремя дюжинами мутаций белка-шипа, эксперты решили изучить способности этого варианта уклоняться от антител человека. Они сосредоточили свой анализ на рецептор-связывающем домене (RBD), который является частью спайкового белка, на который нацелены антитела. RBD также является частью вирусного белка, который присоединяется к человеческим рецепторам ACE2 и позволяет вирусу проникать в клетки.

Используя свой подход к сетевому моделированию, ученые изучили, как каждая из мутаций в RBD изменяет форму белка и влияет на его взаимодействие с четырьмя классами человеческих антител, нацеленных на SARS-CoV-2. Антитела класса 1 и 2 нацелены на участок RBD, который связывается с рецептором ACE2, тогда как антитела класса 3 и 4 связываются с другими частями RBD. Авторы сравнили омикрон-штамм с исходным вирусом SARS-CoV-2 и другими вариантами. «Бета» и «дельта» имеют мутации, которые помогают им избегать антител классов 1 и 2, но не 3 и 4. С другой стороны, «омикрон» имеет мутации, которые влияют на связывание всех четырех классов антител.

Результаты нового исследования могут помочь определить области RBD, на которые могут быть нацелены будущие вакцины и терапевтические антитела.

Ранее UfaTime.ru писал, что «стелс-омикрон» представляет опасность для определенной категории людей.